De facto, depois de recebermos uma nova máquina e nova instalação não tive qualquer problema. Estamos novamente a 100%.

Por teimosia e para terem mais uma referência caso outros utilizadores tenham o mesmo problema: voltei à máquina onde tive problemas, e descobri que o Java Runtime Environment que tinha era bastante antigo versão 8 update 31. Fiz update para versão mais recente (8 update 144) e o Colibri arrancou sem problemas.