Consegui resolver o problema. E sim o log estava nessa localização o que olhando para ele ajudou logo a perceber o problema.
A questão é que em linux é tudo case-sensitive e no windows não.
Ou seja as vossas tabelas em linux são criadas tudo com letras maiusculas ( e no windows também devem ser mas aparecem minusculas pois é case-insensitive ).
Dai ao importar um SQL do windows para o linux ele dava erros de não conseguir criar tabelas temporárias.
Tive de ir ao ficheiro /etc/mysql/my.cnf e adicionar logo depois de [mysqld] o seguinte:
lower_case_table_names = 1
E depois foi só fazer um restart do processo do mysql com
/etc/init.d/mysql restart
e ficou a funcionar.